앤디가 카우보이 캠프에 간 사이, 벼룩시장에 팔려갈 위기에 처한 펭귄 인형 위지를 구하려 한 우디는 장난감 수집가이자 장난감 가게의 사장인 알에게 납치되고 만다. 우디는 그곳에서 자신과 같은 TV 쇼의 장난감인 제시와 피트를 만나 박물관에 가면 어른이 되는 어린아이들에게 버려지지 않고 영원한 삶을 살 수 있다는 것을 알게 된다. 한편 버즈와 친구들은 우디를 구출하기 위해 알의 장난감 가게로 향한다.