런던 정착 3년 차, 패딩턴은 브라운 가족의 일원으로 사랑받으며 행복한 나날을 보내고 있다. 어느덧 루시 숙모의 100번째 생신이 다가오자 패딩턴은 열심히 돈을 모아 비밀의 팝업북을 그녀의 선물로 마련하려 한다. 어느 깊은 밤, 그루버 씨의 가게에 있던 팝업북이 순식간에 사라져 버리고, 패딩턴은 도둑으로 몰려 감옥에 갇히게 된다.