포켓몬스터: 뮤츠! 나는 여기에 있다

인간의 손길이 닿지 않은 땅에서 뮤츠와 복제 포켓몬들은 조용히 살고 있었다. 그러나 뮤츠를 찾고 있던 비주기는 뮤츠가 있는 곳을 알아내고, 비밀리에 어느 계획을 진행한다.그 계획에 지우와 친구들도 말려들게 되고, 뮤츠와 복제 포켓몬들의 운명을 건 장렬한 배틀이 지금 시작된다.