뮤츠와 복제 포켓몬들은 인간의 살지 않는 땅에서 평화롭게 지내고 있었다. 하지만 뮤츠가 어디에 있는지 알아낸 비주기는 극비로 작전을 진행하고, 이 작전에 지우와 친구들도 휘말리게 된다.