홍콩의 섬 주변에서 해적이 나타나 횡포를 부리기 시작한다. 이에 홍콩 정부는 해경에 군함을 지원해 프로젝트 A라는 해적 토벌 작전을 세운다. 한편 마여룡은 경찰직을 포기한 이후 해적을 소탕하는 신 프로젝트 A 작전에 참여한다.