맨해튼에서 일어난 의문의 살인사건을 조사하던 헬보이와 대원들은 단서 하나 없는 현장에서 요괴를 발견한다. 그리고 이내 오랜 휴전으로 잠들어있던 요괴 왕자 누아다가 깨어난다. 그리고 그는 이 세상을 파괴하기 위해 요괴들과 잠들어있던 골든 아미를 부르기 시작한다. 그리고 헬보이와 대원들은 그들을 막기 위해 맞선다.