시즌 6 프리미어 전반부에서는, 처음 2시간 동안 잭 바우어의 또 다른 끔찍한 하루를 예고하는 무시무시한 사건이 이어진 후, 테러와의 싸움이 계속된다. 치명적인 연쇄 테러 공격이 미국을 뒤흔들자, 고 데이비드 파머 대통령의 결단력 있는 동생 웨인 파머 대통령과 자문단 캐런 헤이스, 토머스 레녹스, CTU 클로이 오브라이언, 커티스 매닝, 빌 뷰캐넌에게 상상도 하지 못한 사건들이 펼쳐진다.
충격적인 사건들이 발생한 후, 테러와의 싸움은 새로운 국면에 접어든다. 치명적인 연쇄 테러 공격은 미국을 뒤흔들고, 웨인 파머 대통령, 잭 바우어, CTU 동료들은 계속해서 벌어지는 사건에 대응한다.
CTU 분석가 클로이 오브라이언은 동료 요원을 보호하고, CTU 동료 마일로 프레스먼은 새로운 위협 상황의 압박을 받는다. 한편 잭 바우어가 또 다른 장애물과 씨름하는 동안 테러 위협은 커지고 행정부는 지하 벙커로 대피한다.
잭 바우어가 중국 정부 요원에게 붙잡혀 구타당하고 피투성이가 된 채 끝난 지난 시즌의 충격적인 시즌 피날레로부터 20개월 후, 끔찍한 연쇄 테러 공격이 미국을 뒤흔든다. 고 데이비드 파머 대통령의 결단력 있는 동생인 웨인 파머 대통령과 자문단 캐런 헤이스, 토머스 레녹스, CTU 클로이 오브라이언, 커티스 매닝, 빌 뷰캐넌은 상상도 하지 못한 조마조마한 하루를 시작한다.
