연인으로 발전한 제인과 리스본은 동료들에게 관계를 숨긴 채 복귀해 FBI 요원 살인 사건을 수사하고, 전근 간 킴 피셔를 대신해 신입 요원 미셸 베가가 합류한다.
예술품을 훔치던 갱단이 살인을 저지르자 수사 팀은 예술품 절도 전담반과 합동 수사에 나선다. 제인은 갱단을 잡고자 요원들과 함께 연극을 꾸민다.
고위층 남성 전용 클럽에서 한 여성이 변사체로 발견된다. 완벽해 보이는 클럽에 피해자가 콜걸로 출입했다는 사실이 밝혀지자, 제인은 살인범을 찾고자 치밀한 연극을 계획한다.
제인은 우연히 맞닥뜨린 수상한 남자를 미행하다가 납치된 소녀를 발견하고, 납치범의 행적을 좇으며 거대한 인신매매 조직의 정체를 알게 된다.
FBI는 인신매매 조직에 납치된 피해자들이 탄 화물선을 추적하는 한편 인신매매 조직의 우두머리를 잡아넣으려고 애쓰지만, 유력한 용의자는 교묘하게 혐의를 피해 빠져나간다.