돌아가신 어머니를 되살리기 위해 에드워드와 알폰스 엘릭 형제는 금기를 깨고 인체 연성을 시도한다. 하지만 그 대가로 에드는 왼쪽 다리를, 알은 온몸을 잃게 된다. 에드는 자신의 오른팔을 대가로 알의 영혼을 갑옷에 담는 데 성공하고, 잃어버린 팔과 다리 대신 철로 된 의수를 얻게 된다. 자신의 사지와 알의 몸을 되찾는 방법을 찾던 에드는 국가 연금술사가 되어 강철의 연금술사라는 호칭을 얻고, 엄청난 힘을 가진 현자의 돌을 찾아나선다.
에피소드 1
센트럴에 온 에드는 ‘빙결의 연금술사’를 체포하라는 임무를 받는다. 그는 이슈발 섬멸전의 실체를 알고 브래들리 대총통을 없애려 하는 전직 국가 연금술사 아이작 맥도걸. 에드는 아이작이 현자의 돌을 갖고 있는 게 아닌지 의심하지만 알아내지 못하고, 결국 아이작은 브래들리 대총통에게 당하고 만다.
에피소드 2
시작의 날
지금으로부터 4년 전, 형제는 어린 시절 돌아가신 엄마를 되살리기 위해 인체연성을 시도한다. 하지만 그 대가는 너무나도 가혹해서 에드는 왼쪽 다리를, 알은 몸 전체를 빼앗기고 만다. 진리를 본 에드는 다시 오른팔을 희생하여 알의 영혼을 갑옷에 정착시키고, 오토메일을 달고 국가 연금술사 자격을 취득한다.
에피소드 3
거짓된 종교
리올에 도착한 에드와 알은 연금술이 생소한 사람들에게서 태양신 레트를 섬기는 코넬로 교주에 대해 듣게 된다. 코넬로의 기적이 연금술이라는 것을 확인한 에드와 알은 그가 현자의 돌을 사용하는 게 아닌가 의심한다. 레트쿄의 신봉자인 로제를 만난 에드와 알은 그녀를 통해 코넬로에게 접근하고, 로제는 자신의 애인을 되살려 준다던 코넬로의 실체를 알게 된다.
에피소드 4
연금술사의 고뇌
에드와 알은 생체연성에 대해 조사하기 위해 말하는 키메라를 만들었다는 쇼 터커의 집을 방문한다. 그리고 그곳에서 그의 어린 딸 니나와 즐거운 한때를 보낸다. 국가 자격 갱신일이 다가오자 초조해하던 터커는 어느 날 다시 한 번 말하는 키메라를 만들었다며 형제에게 보여주는데… 한편 센트럴에서는 연쇄살인범이 나타나 국가 연금술사만을 습격하고 있었다.
에피소드 5
슬픈 비
니나의 죽음으로 슬픔에 빠진 에드와 알은 국가 연금술사 살해범 스카의 습격을 받는다. 압도적인 실력의 차이에 속수무책으로 당하는 없는 형제. 급기야 에드는 스카에게 오른팔을 파괴당하고 마는데… 한편 러스트와 글러트니는 리올에서 폭동을 일으키는 데 성공하고, 자신들의 ‘제물’을 사냥하고 다니는 스카를 처치하기로 마음먹는다.
에피소드 6
희망의 길
오토메일을 수리하기 위해 리젬블로 향하는 엘릭 형제와 암스트롱 소령. 그들은 도중에 의료 분야 전문인 마르코 박사를 만나서 현자의 돌과 그에 대한 연구 자료 얘기를 듣게 된다. 형제는 기쁜 마음에 서둘러 오토메일을 수리하고 자료가 숨겨져 있다는 센트럴에 가기로 한다. 하지만 마르코 박사는 그것이 악마의 연구라고 하는데…
구기야마 리에
타카모토 메구미
아소 미요코
박로미
미키 신이치로
오리카사 후미코
미즈키 나나
토요구치 메구미
오키아유 료타로
이리에 야스히로
후쿠나가 겐
