히나타 집에 정식으로 배속된 케로로. 가을부터 케로로만의 방이 주어지게 되고, 엄청나게 기뻐하는 케로로지만…

사람은 누구나 비밀을 가지고 있다. 니시자와 모모카도 뭔가 비밀을 가진 소녀였다. 후유키가 본 그 비밀이란 것은 무엇일까?

1.집밖으로 나가지 못해 답답해하는 케로로. 외계인이라는 자신의 정체를 들키지 않고 밖으로 나갈 수 있는 갖은 방법을 생각해보지만 그다지 마땅한 방법이 없다. 이에 케로로는 실망에 빠지지만 알고 보니 허무하게도 이미 타마마는 안티 배리어라는 장치를 이용해 쉽게 집밖을 들락거리는 것이었다.2.한별이는 착실하게 집안일을 하는 케로로가 수상쩍어 가족 회의를 열어 집안에 감시 카메라는 설치하기로 한다. 학교에서 이상한 기척을 느낀 한별은 케로로를 범인으로 단정하고 케로로와 함께 감시 카메라에 녹화된 영상을 보지만 케로로는 하루 종일 집밖으로 나가지 않았다는 사실을 알게 된다. 그리고 그 다음날 케로로 앞에 제3의 케론인이 나타나는데...

히나타 집의 TV가 갑자기 폭발하더니, 그 TV 안에서 케로로의 부하인 기로로 하사가 등장한다. 과연 본격적으로 지구 침략 작전은 시작될 것인가?

케로로 중사는 첫 월급을 받아 건담 프라모델을 사기 위해 동네 장난감 가게를 찾아간다. 하지만 모습을 감춘 채로 장난감을 살 수 없다는 사실을 깨닫고 나오려 하지만 이미 가게 문이 닫힌 상태. 창문으로 겨우 탈출한 케로로는 우주한테 부탁해 프라모델을 사려하지만 뒤늦게 온 사빈한테 선수를 빼앗긴다. 그리고 장난감 가게가 곧 문을 닫는다는 소식을 듣고는 장난감 가게를 살리기 위해 주인 할아버지를 찾아가 설득 작전을 펼치는데...

황금연휴를 맞아 케로로는 집안에 틀어박혀 답답해한다. 그런데 마침 나라가 우주에게 같이 놀러가자고 연락을 하고 남쪽 섬에서 우주와 단둘이 시간을 보내려던 나라의 계획과는 달리 온 집안 식구들과 함께 남쪽 섬으로 떠난다. 나라는 우주와 더 친해지려고 일부러 물에 빠진 척하지만 수영을 못하는 우주 때문에 계획이 틀어져 결국 우주 문어한테 인공호흡을 받고 만다. 또한 담력 시험을 통해 우주에게 접근할 계획을 짜지만 우주네 집 지하에 사는 유령의 등장으로 그 계획도 실패하고 마는데...