밝고 건강한 개구쟁이 소년 나용찬은 친구들과 비밀기지를 만들던 중 작은 공룡을 발견한다. 그리고 그런 용찬이의 앞에 살아있는 미니카 알키온이 나타나 작은 공룡인 ‘타이니소어’를 모으는 것이 자신의 임무라고 말한다. 용찬이는 영문도 모른 채 알키온의 전속 채집가가 되는데...

박사님은 나용찬과 친구들에게 타이니소어와 다이노사우로이드에 대한 이야기를 해 준다. 하지만 알키온은 임무는 기억하고 있었지만 자세한 다른 정황은 기억이 나지 않는다고 한다. 박사님은 다른 사람들에게는 타이니소어를 숨기는 편이 낫다고 말하지만 나용찬이 집으로 타이니소어를 데려오면서 한바탕 소동이 일어나는데…

혼자가 된 트리케라를 위해서라도 타이니소어를 모으려 하는 나용찬과 친구들. 한편 부자집 도련님 루이킴은 자택의 정원에서 캡처카 아렌을 발견하고 채집가가 된다. 프테라를 따라 박사님의 사유지에 들어간 루이킴은 타이니소어 채집을 하던 나용찬과 친구들과 맞닥뜨리고, 타이니소어들을 건 배틀이 시작된다!

박사님께 맡겨뒀던 나용찬의 타이니소어들이 사라진다. 루이킴의 부하들이 타이니소어를 훔치려다가 수조가 부서지면서 타이니소어들이 도망친 것이다. 용찬이와 친구들은 상점가 곳곳에 숨어든 타이니소어를 되찾을 수 있을 것인가?

용찬이와 친구들은 최근 인기 있는 아이돌 마술사 '초신비'의 공연을 보러 근처 중학교로 향한다. 그런데 북적거리는 축제에서 용찬이는 친구들과 떨어지고 타이니소어마저 도둑맞고 만다. 그리고 우여곡절 끝에 보게 된 초신비의 마술쇼 무대에서 타이니소어들이 발견되는데...

현재의 지구에 대해 알고 싶었던 알키온은 용찬이와 함께 학교에 간다. 마침 우람이도 티톤을 데려온 상황. 그런데 우람이가 수업중에 타이니소어를 친구들 앞에 꺼내는 위험한 행동을 한다! 용찬이는 우람이에게 타이니소어를 더 소중히 대하라고 주의를 주지만 우람이는 화를 내며 배틀을 신청하는데…