막대한 희생을 낳은 지구연합-자프트 간의 제 2차 야킨 두에 공방전을 끝으로 마침내 정전 조약이 체결되었지만, 두 세력 사이에는 여전히 불안한 분위기가 감돌고 있다. 오브의 수장 카가리 유라 아스하는 플랜트 최고평의회 의장, 길버트 듀랜달과의 극비 회담을 위해 자프트의 신 공장인 ‘아모리 원’을 방문하는데… 그때 갑자기 울리는 경보! 신형 MS 건담을 강탈당한다.

갑작스러운 건담 강탈 사건에 휘말리게 된 카가리와 아스란은 긴급 대피를 위해 자쿠 워리어에 올라탄다. 빼앗긴 세 대의 신형 기체 카오스, 어비스, 가이아와의 전투로 궁지에 몰린 순간! 신이 탑승한 임펄스 건담이 등장한다.

강탈당한 세 대의 기체를 따라 신과 레이는 ‘아모리 원’ 밖으로 나간다. 하지만 그곳에서 기다리고 있던 건 연합특수부대 사령관 네오였다. 한편, 미네르바 함 내에 들어선 카가리와 아스란은 듀랜달 의장의 안내로 전투를 참관하게 되는데… “다시는 이런 비극을 되풀이하지 않겠다고 맹세했건만…!”, 미네르바와 임펄스의 상상 이상의 전력을 보며 카가리는 분노한다.

적 모함을 따라 데브리대에 돌입한 신과 루나 마리아 일행. 하지만 어찌 된 영문인지 적들에게선 아무런 움직임도 보이지 않는데… 이것이 미끼라는 사실을 알아챈 바로 그 순간, 매복해 있던 카오스, 가이아, 어비스가 신 일행을 공격하기 시작한다.

유니우스 세븐이 안정 궤도를 벗어나 지구를 향해 낙하하기 시작하고 이 사태를 심각하게 바라본 플랜트는 이자크 쥴을 대장으로 하는 파쇄 부대를 급파시킨다. 한편, 지구에서는 로드 지브릴을 신 맹주로 한 블루 코스모스가 다시금 움직임을 시작하려 하고 있었는데…

유니우스 세븐의 파괴를 위해 지구로 급파하는 이자크 부대. 하지만 이내 알 수 없는 무리로부터 습격을 당하고, 신과 레이, 루나마리아, 그리고 아스란이 이자크 부대와 합류하여 본격적인 전투에 돌입한다. 메테오 브레이커의 기동을 시도하려는 그 순간, 패트릭 자라의 사상을 근거로 전쟁을 벌이려는 테러리스트들이 등장하는데…