전국 일만 마리의 요괴를 조직원으로 두고 있는 거대 요괴 조직 누라조. 그 누라조를 다스리는 총대장 누라리횬의 손자가 바로 리쿠오다. 하지만 리쿠오는 인간과 요괴의 혼혈이기에 할아버지 누라리횬과는 다르게 자신의 정체성을 인간이라고 생각하며 살아가고 있었다. 그러던 어느 날, 리쿠오는 친구들과 함께 요괴가 나온다는 소문이 있는 학교 구교사에 가게 되는데...

어린 시절부터 리쿠오와 친하게 지내며 의형제나 다름없는 사이인 새 요괴 젠이 리쿠오를 찾아온다. 젠은 리쿠오에게 누라리횬의 뒤를 이어 누라조를 이어받아야 한다고 설득하는 도중에 피를 토해버린다. 몸 상태가 나빠진 젠은 다시 젠 일파의 본거지로 돌아가게 되고, 리쿠오는 요양해야 하는 젠이 누라조에 오게 만든 원인인 할아버지 누라리횬에게 분개를 터트리는데...

리쿠오의 반에 한 여학생이 전학을 온다. 교토에서 온 전학생의 이름은 케이카인 유라. 묘하게 요괴에 관한 지식이 있던 유라는 키요츠구의 권유로 괴기탐정단에 들어오게 된다. 키요츠구의 고집으로 키요십자 괴기탐정단의 결성식이 리쿠오의 집에서 열리게 되고, 다양한 요괴들이 사는 누라조의 저택에 탐정단이 방문하게 되는데...

누라조에서 파문당한 큐소는 바케네코 4번가를 장악하고 카나와 유라를 납치하는 데 성공하고, 이 소식을 들은 리쿠오는 친구들을 구하러 큐소의 저택으로 향한다. 큐소는 리쿠오에게 누라조 3대 총대장을 잇지 않겠다는 각서를 전국의 조직에 보내지 않으면 카나와 유라를 죽이겠다는 협박을 한다. 두 사람을 살리기 위해서 각서를 보내려는 하는 찰나, 누군가가 리쿠오를 멈춰 세우는데...

친구에게 닥친 위기 상황에 요괴로 각성한 리쿠오는 그 반동으로 몸살이 나버린다. 학교에 오지 않은 리쿠오를 걱정한 탐정단의 멤버들은 병문안 차원에서 리쿠오의 집을 찾아온다. 그리고 탐정단이 모두 모인 상황에 키요츠구는 주말에 '요괴 합숙'할 것을 제안한다. 합숙 장소는 '우메 낙원'. 과연 그곳에서 무엇이 리쿠오와 친구들을 기다리고 있을까?