납치된 해럴드 대통령과 운석을 맞교환하기 위해 오페라 극장을 찾은 알렌 . 하지만 알렌이 약속을 어기고 운석을 내어 주지 않는 바람에, 섀도우 닌자들과 한바탕 난투극이 벌어진다. 게다가 스페이스 닌자까지 가세하면서 버튼 일행은 위기를 맞는데...

론과 알렌은 무너져 가는 오페라 극장에서 맞대결을 펼친다. 수많은 닌자의 목숨을 앗아간 알렌의 야욕을 끝내려는 론. 알렌은 결국 론의 일격으로 쓰러지고 만다. 해럴드 대통령이 무사히 구출되며 사건은 일단락되지만, 버튼은 운석이 사라졌다는 사실을 깨닫는다. 게다가 루시의 모습마저 보이지 않는데...

홀연히 사라져 버린 루시를 찾기 위해 혼자 나서는 에마. 행인들에게 루시의 사진을 보여주며 행방을 쫓는다. 그러던 중 범상치 않은 여자아이를 만난 적 있다는 여성들의 이야기를 듣고 직접 그 장소로 향한다. 하지만 가는 길목에서 수수께끼의 닌자가 나타나 에마를 공격하기 시작하는데…

루시가 아카데미로 돌아오지 않으려 한다는 사실에 모두가 충격을 받는다. 에마는 루시와 함께 있던 가면 쓴 남자에 관해 이야기한다. 한편, WNA 본부에 불려 간 브루스 선생님과 에이미 선생님은 뜻밖의 장소에서 누군가와 마주치는데...

본부가 섀도우 닌자들의 손에 넘어가면서 WNA 는 최악의 위기를 맞는다. 엎친 데 덮친 격으로 닌자 껌 공장마저 빼앗겨 버린 상황 . 겐류사이는 WNA 를 되찾기 위한 작전에 돌입한다. 한편, 버튼과 친구들은 대량의 껌이 보관되어 있다는 장소로 향하는데...

임시 본부가 된 WNA 아카데미. 학생들은 방어벽을 쌓고 섀도우 닌자들의 습격에 대비한다. 버튼과 친구들은 아카데미에 잠입한 보틀 컬렉터즈와 치열한 대결을 펼친다. 한편, 정보를 수집하던 론과 제인은 스페이스 닌자들과 마스터 섀도우의 만남을 목격하는데...