여름캠프에 참가하고 있던 7명의 아이들은 하늘에서 갑자기 떨어진 이상한 기계의 힘으로 디지털 몬스터, 즉 디지몬들이 사는 파일섬이라는 곳에 도착한다. 도착하자마자 무서운 디지몬 쿠가몬의 습격을 받는 아이들. 위기에 처한 순간, 아이들과 행동을 함께 하는 조그마한 디지몬들이 진화하고 아이들을 쿠가몬으로부터 구해준다. 디지몬들의 활약으로 물리친 줄 알았던 쿠가몬이 아이들을 또다시 위기에 빠뜨리는데…….

어떻게 디지몬들의 세상에 오게 된 것일까? 해답을 찾다 도착한 해변가. 그곳에는 쉘먼이 살고 있었다. 무시무시한 힘으로 아이들을 공격해오는 쉘먼. 디지몬들은 하나 둘 씩 쓰러지고 태일이가 쉘먼에게 잡혀 위기에 처한 순간 아구몬의 숨겨진 힘이 발휘된다.

호수가에 도착한 아이들은 그곳에서 하룻밤을 보낸다. 내 동생은 반드시 지키겠어. 궅은 결심을 하는 매튜. 이때 숲 속에 숨어 있던 난폭한 디지몬이 아이들을 공격한다. 리키를 구하기 위해 매튜가 자신을 희생하는 그 순간, 푸른 불꽃에 감싸힌 커다란 늑대가 나타난다.

말라붙은 호수와 주변에서 뿜어져 나오는 사악한 불빛. 이것은 숲과 마을, 나아가 이 세상의 모든 걸 불태우려는 메라몬의 소행이었다. 위험에 빠진 일곱 아이들. 이를 구하기 위해 피요몬이 나섰다. 정의에 불타는 불사조의 모습으로…….

오로지 기계만이 움직이는 공장에서 사람을 찾아 헤매는 아이들. 하지만 아이들 앞에 나타난 것은 철로 만들어진 안드로몬이었다. 안드로몬의 무시무시한 공격에 위기에 빠지는 아이들. 이들을 구하기 위해 눈부신 번개와 함께 새로운 용사가 탄생한다. 아이들이 위험에 처하면 디지몬이 진화한다는 사실을 알아챈 아이들. 하지만 디지몬을 난폭하게 만드는 검은 톱니바퀴의 음모는 이제 막 시작된 것이었다.

워메몬의 습격을 받은 아이들은 장난감 마을에 도착한다. 하지만 검은 톱니바퀴에 조종당하고 있던 퍼펫몬은 아이들의 감정을 빼앗고, 아구몬을 장난감 상자 안에 가두어버린다. "퍼펫몬에게 붙잡혀 장난감의 놀이도구가 된 친구들을 구해야 해!" 하지만 남겨진 미나와 팔몬에게는 아무런 힘이 없었다. 궁지에 몰린 두 사람을 지키기 우해 결사의 각오로 싸우는 워메몬. 그 모습을 본 순간 팔몬의 두 눈에 투지가 불타오른다.