마법소녀 마도카☆마기카

사랑하는 가족이 있고, 친구가 있고, 때로는 웃고, 때로는 운다. 그런 평화로운 일상을 보내던 중학교 2학년, 카나메 마도카. 어느 날 저녁 마도카는 아주 신비한 꿈을 꾼다. 그날도 어김없이 찾아왔을 변하지 않는 일상──. 마도카가 꿈에서 본 소녀와 똑같은 용모의 소녀. 우연의 일치에 당황한 마도카에게 호무라는 의미심장한 말을 남기는데

호무라에게 습격당하던 규베를 구하던 도중 실수로 들어온 매우 이상한 공간. 절체절명의 위기에 처한 마도카와 사야카를 구한 것은 한 명의 마법소녀. 토모에 마미. 그 후 두 사람이 초대를 받은 곳은 마법소녀의 방. 그곳에서 듣게 된 것은 큐베에게 선택받은 자에게 부여되는 자격. 마법소녀라는 존재, 그리고 마녀라는 존재. 어떤 소원이든 이룰 기회와, 그 뒤에 기다리고 있는 가혹한 사명. 고민하는 두 사람에게 마미는 ′나랑 같이 마녀 퇴치를 다녀 볼래?′라고 제안하는데.

마미의 마녀 퇴치 체험에 코스에도 익숙해진 마도카와 사야카. 하지만 정작 중요한 소원은 아직 정하지 못한 상태였다. 고민하는 두 사람이 알게 된 마미의 과거. ′소원이란 건 자신을 위한 일에만 사용해야 돼요?′라고 묻는 사야카에게 마미는 진지한 말투로 ′타인의 소원을 이뤄주고 싶다면 자신이 뭘 원하는지 좀 더 분명히 알아야 해′라고 대답한다. 다음 날 방과 후 쿄스케의 병문안을 간 사야카와 마도카는 돌아오던 길에 우연히 병원의 주차장에서 부화가 얼마 남지 않은 그리프 시드를 발견한다. 이대로 방치하면 대참사가 발생할 수도 있는 사태에 사야카는 큐베와 함께 감시를, 마도카는 마미에게 도움을 요청하러 달려가는데.

마미와 마녀의 장렬한 싸움이 끝난 다음 날, 찾아온 것은 평소와 다름없는 일상이었다. 마법소녀의 패배 결과를 직접 목격한 마도카와 사야카는 마법의 세계에 관여하게 되는 일의 무게를 실감하고 마법소녀가 되는 것을 포기한다. 그날 저녁, 아무도 살지 않게 된 마미의 방을 찾아간 마도카는 집으로 돌아가는 길에 맨션 입구에서 호무라를 만난다. 저녁노을 속을 나란히 걷는 두 사람. 마법소녀로서 죽는 것의 현실을 이야기하는 호무라에게 마도카는 슬플 정도로 다정한 말을 건네는데.

마법소녀로서 마녀의 손에서 마도카와 히토미를 구한 사야카. 큐베와의 계약으로 소원을 이룬 지금, 그 마음엔 주저함이 없었고 마법소녀가 된 것을 후회하는 것 같지도 않았다. 반대로 마도카는 사야카보다 먼저 마법소녀가 될 결심을 했지만 포기해버린 자신에 대해 고민한다. 쿄스케의 부모님, 주치의 병원 스텝들이 모여 병원 옥상에서 쿄스케의 손이 회복된 걸 축하한다. 그곳에서 아버지의 손에서 한때 자신이 애용했던 바이올린을 넘겨받는 쿄스케. 처음엔 망설였지만 굳게 마음먹고 바이올인을 연주하는 쿄스케. 전혀 녹슬지 않은 천재의 재능에 감동하는 사람들. 그 광경을 본 사야카는 더없는 기쁨을 곱씹는다. 한편, 전망대에서는 그런 사야카의 동향을 엿보는 쿄코의 모습이 보였는데.

사야카와 쿄코의 전투 현장에 갑자기 나타난 호무라. 전투의 중재에 들어간 그녀는 사야카를 일격에 기절시켰고 그것을 본 쿄코가 호무라를 경계하며 그 자리에서 이탈하는 것으로 전투는 종료된다. 다음 날, 쿄코의 난입으로 놓친 사역마의 흔적을 찾는 사야카와 마도카 전투의 흔적이 남은 그 현장에서, 쿄코와 평화적인 해결을 제안하는 마도카와 목숨을 걸고 마법소녀와의 싸움을 각오한 사야카. 두 사람의 의견이 충돌하고 만다. 그런 두 사람의 대화가 이어지는 한편, 게임 센터에서는 어떤 목적을 위해 호무라가 쿄코와 접촉하고 있었는데.