보노의 헬리콥터 '고래호'를 부르는 열쇠인 빨간 새우. 말썽꾸러기 하얀 도깨비들은 이 빨간 새우를 몰래 훔쳐 고래호를 부르고, 이를 발견한 보노 일행과 실랑이를 벌이던 중 그만 빨간 새우가 깊은 바닷속으로 떨어지고 만다.

지니마을의 과학자 빈치가 발명한 만능 잠수복을 입고, 바닷속에 들어가 빨간 새우를 찾기로 한 일행. 바닷속을 여행하던 도중, 세상에서 가장 깊은 바다가 궁금해진 보노. 빈치는 에베레스트의 높이보다 더 깊은 마리아나해구에 대해 알려준다. 그러던 중 보노에게 거대한 그림자가 접근한다.

촉수에 독이 있는 해파리를 만난 빈치와 보노. 보노는 가까스로 해파리의 촉수를 피하고, 해파리는 자기도 자기 몸의 움직임을 맘대로 조종할 수 없다며 사과한다. 빨간 새우를 보았냐는 질문에, 줄도화돔에게 물어보라 말하는 해파리. 줄도화돔을 찾아간 보노 일행은, 입에 무언가 가득 넣어 말을 하지 못하는 줄도화돔의 모습에 의아해 한다.

수컷 줄도화돔의 입에서 새끼들이 잔뜩 나오자 신기한 보노. 줄도화돔 수컷은 알에서 새끼들이 부화할 때까지 입속에서 품고 지킨다는 사실을 알게 된다. 줄도화돔에 이어 도다리와 넙치까지 만난 빈치. 한 편 보노는 귀신고래가 일으킨 개흙 때문에 앞이 보이지 않고, 개흙 물을 빨아들이는 귀신고래의 입속으로 빨려 들어갈 위기에 처한다.

귀신고래의 뱃속으로 빨려 들어간 보노. 빈치는 무전기로 고래 뱃속의 보노가 무사한 것을 확인하고, 보노는 고래 뱃속에서 빨간 새우를 발견한다. 보노가 고래 뱃속에서 나올 방법을 고민하던 빈치는, 보노에게 잠수복의 용수철 기능을 알려주며 고래가 속이 울렁거려 토하도록 뱃속에서 힘껏 뛰라고 이야기한다.

귀신고래가 토하면서 무사히 탈출한 보노. 다시 만난 보노와 빈치는 얼싸안고 기뻐한다. 천연기념물인 귀신고래의 사진을 찍으며 귀신고래의 특징을 알게 되는 빈치와 보노. 이때 갑자기 하강 조류에 휩쓸린 보노 일행은 커다란 문어의 머리에 부딪히고, 화가 난 문어는 보노를 공격한다.