갑자기 세계에 출현한 적대 존재 필러. 이를 타도하기 위해 신은 인류에게 발키리를 보냈다. 그로부터 5년, 각지에서 필러와의 전쟁이 계속되던 중, 일본의 타테야마 기지에 한 명의 발키리가 배속된다. 세계에서 9명뿐인 정예---네임드 발키리 중 하나인 클라우디아 브루포드. 고지식한 그녀는 여러 가지 의미로 상식을 뛰어넘는 타테야마 기지와 그곳에서 만난 3명의 문제아 발키리들을 보고 당황한 마음을 감추지 못하는데...

타테야마 기지에 배속된 클라우디아는 무구루마 미야코, 코마고메 아즈즈, 와타라이 소노카와 힘을 합쳐 멋지게 필러를 격퇴한다. 그러나 너무나도 자유로운 타테야마 기지의 분위기에 적응하지 못하는 클라우에게 미야코는 '발키리들의 친목회'를 제안한다. 기운이 넘치는 미야코, 수면 부족으로 기분이 언짢은 아즈즈, 보통이 아닌 소노카와 친목을 다지는 클라우. 그런 그녀들에게 새로운 필러가 출현했다는 보고가 들어온다. 장소는 타테야마 기지에서 가까운 '우미호타루' 그곳에는 많은 일반 시민이 남아 있었는데...

하루의 일과인 훈련을 하기 위해 도장에 간 클라우는 먼저 아침 훈련을 하고 있던 미야코와 만난다. 미야코의 손에 이끌려 분주한 타테야마 기지의 아침을 겪은 클라우는 자신이 이 장소에 점점 익숙해지고 있다는 것을 실감한다. 그런 클라우를 포함한 발키리들에게 사토미 사령관은 새로운 임무를 명령한다. 당황하면서도 미야코, 소노카, 실드 부대의 사람들과 함께 현지로 향하는 클라우였는데.

타테야마 시 상공에 출현한 필러. 없애도 곧바로 다른 장소에서 부활하는 성가신 성질을 가진 적에게 휘둘리며 지상에서 기지로 돌아갈 수 없게 돼 버린다. 기지에 돌아가지 못하면 영령기에는 탈 수 없다. 그런 고립무원의 상황에 고민하는 발키리들이었지만 실드 부대에게서 기지로 통하는 지하통로가 있다는 정보를 입수한다. 하지만 그 지하통로에 가기 위해서는 바다를 통과해야만 했다. 그래서 발키리들은 수영복으로 갈아입고 기지로 향하는 길을 나아가는데! '너희... 무슨 꼴로 싸우는 거니?'

격전 지역에만 파견되는 역전의 발키리, 아마츠카 야요이. 그런 그녀가 타테야마 기지에 온 이유는 비밀리에 계획된 어떤 작전을 수행하기 위해서였다. 인류의 반격작전인 '후지 프라이머리 필러' 공략 일본의 모든 전력을 투입하는 터무니없는 계획에 놀라는 아즈즈와 클라우는 대신 오딘의 진의를 묻기 위해 직접 담판을 지으러 간다. 한편, 야요이의 얼굴을 본 후로 소노카는 기분이 좋지 않아 보였는데... '이제 와서 이유가 뭐야? 언니...'

오딘의 말은 현실이 되었다. 전 세계의 필러가 휴면기에 들어간 틈에 허를 찔러 영봉 후지 프라이머리 필러를 공략하기 위한 인류의 반격 작전이 시작됐다. 전에 유럽에서 클라우와 함께 비행한 리즈벳 크라운과 레이리 할티아를 시작으로 세계 각지의 에이스급 발키리가 계속해서 일본에 모여드는 광경에 이끌려 타테야마 기지 사람들의 사기도 높아지고 있었다. 오딘의 가호를 받아 차례차례로 이륙하는 전사들. 그 하늘의 끝에서 기다리고 있는 것은...