최고의 개조 생명체를 만들기 위해 다른 별을 침략하며 실험체를 찾아다니던 개조실험제국 메스가 지구를 침략하고 이를 막기 위해 지구 출신 플래시별 전사 5명이 고향 지구로 돌아간다.

지구 정복 계획에 차질이 생긴 리 케프렌은 크라겐을 보내 죽어버린 수전사를 거대화한다. 속수무책으로 당하던 후뢰시맨들은 서포트 로봇 마그의 도움을 받아 후뢰시 킹을 출동시킨다.

추락한 UFO의 잔해를 살피던 후뢰시맨 일행은 죽어가는 에일리언 헌터의 모습을 확인한다. 후뢰시맨은 에일리언으로부터 자신들이 우주에 납치당했던 부분에 대해서 캐묻지만 메스에게 놓쳐버리고 만다. 결국, 에일리언은 메스에 의하여 개조당하여 새로운 수전사로 태어나는데...

수전사 더 기라이는 보이는 모든 것을 거꾸로 보이게 하는 우주 거북이의 유전자를 사용하여 만든 수전사이다. 그린 후뢰시는 수전사 더 기라이의 빔을 맞고 시야가 위아래가 반대가 돼버리고 만다. 이 상태에서는 절대 제대로 싸울 수가 없기 때문에 후뢰시맨 일행들을 고전하게 된다. 한편, 마그는 이대로 포기할 수 없기 때문에 다이에게 물구나무서기를 권하게 되는데...

지구의 일상을 관찰하던 사라와 루는 메스의 소행으로 움직이는 냉장고를 발견한다. 진, 다이, 붕이 올 수 없는 상황에서 사라와 루는 둘이서 수전사를 상대한다.

유전자 신디사이저와 같이 꼬리의 피리를 통해 생명을 조종하는 것이 가능한 수전사 더 사이저. 하지만, 후뢰시 호크의 엔진음이 방해되어, 더 사이저의 피리 음파가 이상이 생기고 말았다. 대박사 리 케프렌은 후뢰시 호크의 엔진음이 그 원인이라는 것을 알아내고 파괴를 하려고 한다. 한편, 진이 위험한 상황에 처했고 마그에게 후뢰시 호크의 부품을 받아야 하는데...