짱구는 못말려 X파일

서부의 작은 마을 매리조나. 밀짚모자 장수인 아빠는 짱구를 위해 액션 철가면 옷을 만들어주고, 유치원 아이들에게도 옷을 판매하여 돈을 벌게 된다. 그러나, 집으로 돌아가는 도중 악당들을 만나고, 마을의 돈을 모두 준비해 놓으라는 악당들의 말에 마을회의를 소집한다. 이야기를 전해들은 원장은 사람들에게 마을을 지키자는 제안을 하고, 이에 마을 사람들은 액션 철가면으로 변장하여 악당들과 싸움을 벌이지만, 악당들에게 작전이 들통 나면서 제일 앞에 있던 아빠가 위기에 처하는데..

이슬이 호텔 식사에 초대하자, 엄마는 짱구에게 식사 예절을 가르치지만, 짱구는 제대로 익히지를 못한다. 이에, 이슬에게 망신당할 것이 신경 쓰인 짱구는 복통을 일으키고, 결국 식사 약속에 가지 못하게 된다.

흰둥이의 코에 아빠 양말이 떨어지면서, 흰둥이는 후각을 상실하고, 하루 종일 기운 없는 모습을 보인다. 이에 아빠는 흰둥이를 병원에 데려가라며 비상금을 내어주지만, 흰둥이가 다시 후각을 찾으면서, 비상금은 엄마의 주머니로 들어간다.

짱아가 엄마의 진주목걸이를 끊어버리자, 짱구와 짱아는 진주알을 찾아내어 다시 목걸이를 만든다. 그러나, 마지막 한 알이 보이지 않고, 우여곡절 끝에 진주알을 찾아내지만, 외출에서 돌아온 엄마에게 그 모습을 들켜버린다.

태풍으로 인해 대피 명령이 떨어지자, 짱구 가족은 대피소인 떡잎 유치원으로 향하고, 우여곡절 끝에 유치원에 도착, 그곳에서 하룻밤을 보내게 된다. 그러나, 짱구의 잠버릇으로 인해 엄마와 유리 엄마의 싸움이 벌어지고, 다른 사람들까지 말다툼을 하면서 분위기가 안 좋아진다. 그러던 중, 태풍 때문에 유치원 곳곳이 부서지는 사고가 생기고, 이에 사람들은 싸움을 멈추고는, 서로 힘을 합하여 부서진 유치원을 수리한다.

짱아가 감기 기운이 있자, 엄마는 새로 생긴 소아과에 짱아를 데려간다. 그러나, 진찰을 받던 짱아가 문제를 일으키고, 가는 병원마다 문제를 일으킨 짱아는 결국 그 병원에도 가지 못하게 된다.