평화로운 타츠미야 섬. 아이들은 일본과 세계의 많은 지역이 지도 상에서 사라진 걸 모르는 채 평화롭게 학교 생활을 한다. 하지만 그 평화를 깨는 미지의 존재가 섬에 나타나면서 그 동안 숨겨져 있던 비밀과 전쟁의 공포가 시작된다. 미지의 존재는 페스툼! '당신은 그곳에 있습니까?'

페스툼의 공격으로 주민들은 방공호로 대피한다. 알비스나 섬의 비밀을 모르던 아이들은 혼란에 빠지고, 강력한 페스툼 앞에 섬의 부대나 방어 시스템은 무력하기만 하다. 결국, 마지막 희망은 거인을 깨우는 것. 깨어난 거인은 섬을 구해줄 것인가?

API 1, 타츠미야를 찾으려는 신국가연합 탐색기가 섬 상공을 비행한다. 위장거울로 섬을 숨기고 있지만 언제 발각될 지 위태로운 상황. 마카베 사령관은 섬을 옮기기로 결심하는데, 탐색기와 페스툼이 동시에 나타나는 위기에 빠진다. 섬을 드러낼 수 없는 상황에서 페스툼의 공격을 받은 타츠미야의 운명은?

신국가연합 탐색기를 페스툼의 미끼로 사용하고 섬의 이동을 앞당긴 타츠미야 섬. 만약을 대비해 카즈키와 소우시는 마크 엘프로 출동한다. 하지만 카즈키는 위기에 처한 탐색기를 구하고, 결국 섬의 존재를 신국가연합에 알리게 된다. 알비스는 왜 섬의 존재를 같은 인류인 신국가연합에게까지 숨기는 걸까?

피하고 싶던 신국가연합으로부터 연락이 오고, 사무총장은 마크 젝스를 넘겨달라고 요구한다. 결국 마크 젝스를 넘겨주기로 하고, 마카베 사령관은 위기 상황에 대비해, 파일럿 후보들의 훈련에 임한다. 섬으로 오던 신국가연합 함정이 페스툼의 공격을 받고, 섬에 구원을 요청하는데…

카즈키와 소우시는 신국가연합 함정을 구조하기 위해 출동하고, 그 사이 솔로몬에 다른 페스툼이 나타났다는 예언이 뜬다. 전력을 다해 막지만 역부족으로, 결국 발키리 동굴을 공격하기 시작한 페스툼. 하자마 쇼코는 카즈키의 섬을 지키기 위해 굳은 결심을 하는데…