야쿠자 묵시록

도쿄를 중심으로 토넨파와 쿄진회라는 거대 두 조직이 함께 균형을 이루며 지내던 중 한 신인 여배우가 자택에서 자살하는 사건이 발생한다. 그 츠키오카 유리라는 여자는 민자당의 야스다 의원과 꽤 깊은 사이였고, 그 사실을 알게 된 쿄진회 소속 카케이마사파에서 그것을 빌미로 야스다를 협박한다. 야스다는 곤란한 상황에 처하게 되고, 그의 비서를 시켜 평소에 알고 지내던 토넨파 사람들을 찾아가 그들을 막아 달라 부탁한다.

츠키오카 유리의 자살에 어떤 내막이 숨겨져 있다는 사실을 알게 된 토넨파의 부두목 히지카타는 그들을 파헤치기 시작한다. '파토스'라는 술집에서 술 접대 일을 했던 츠키오카. 그 파토스라는 가게는 일반 술집이 아닌 쿄진회와 예능 흥업 협회가 손을 잡고 민자당 의원들에게 소속 신인 연예인들을 연결해주는 가게였다. 히지카타는 그 사실을 알고 크게 분노하며 쿄진회와 맞붙기 위해 항쟁을 시작한다.

요코하마 카지노 계획을 세우고 있던 토넨파는 그들을 뒤에서 돕던 요시자키의 체포로 계획은 무산되고 만다. 카지노 계획이 무산되자, 히지카타는 요시자키에게 긴자의 전설적인 마담이었던 쿠게누마를 소개받아 아카사카에 작은 클럽을 차리며 새로운 계획을 준비한다. 한편, 오오쿠보파의 두목인 오오쿠보가 죽자, 그 뒤를 이어 진나미가 오오쿠보파의 2대 두목을 이어받는다. 그리고 요코하마를 장악한 하야세파를 차례차례 처리하기 시작한다.

민자당 의원들과 여자들과의 관계에 관한 내용이 담긴 USB가 있다는 소문이 돌기 시작하자, 쿠게누마가 운영하는 클럽으로 모미야마 의원이 찾아온다. 그는 토넨파에게 그 증거품을 내놓을 것을 부탁하며, 거래를 요청한다. 하지만 그 증거품이 있다는 사실을 알게 된 카케이마사파쪽에서 손을 써 그 증거품이 담긴 노트북을 훔쳐가고, 다시 그걸 되찾는 과정에서 그 증거품은 사라지게 된다.

쇼이치로부터 카미시로 창고가 도쿄 항만 지구의 토지를 매각한다는 정보를 얻게 된 진나미는 토넨파 간부회의에서 그 사실을 알린다. 올림픽 카지노 계획과 관련된 중요한 사안인 만큼, 서로 맡겠다고 나서지만 토넨은 카미시로의 숨겨진 친아들인 히지카타를 내세워 이 안건을 성공시키려 한다. 한편, 매각한다는 소문을 들은 쿄진회와 쿠니사다 쪽도 카미시로에게 거액의 돈을 내밀며 파격적인 조건을 제시한다.

카미시로는 자신의 아들인 히지카타가 아니면 토지를 팔지 않겠다고 선언하고, 그 조건으로 야쿠자를 그만둘 것을 제안한다. 하지만 히지카타는 그 제안을 단칼에 거절한다. 한편, 호소카와파 두목이 죽고 난 후 계속 소외돼 있던 호소카와파 쪽 에자키 무리는 토넨파에서 빠져나와 새로운 조직을 만든다. 그 시기에 카케이마사파도 쿄진회에서 탈퇴하며 쿄진회와 토넨파는 조직 내부의 분열이 일어나 큰 혼란을 겪게 된다.