NIGHT HEAD 2041

2041년. 정신 에너지를 부정하는 물질주의 사회가 된 도쿄. 국가 보안 본부에 소속된 쿠로키 타쿠야와 쿠로키 유야 형제는 능력자를 자처하는 미라클 믹 포획 임무 중에 정체를 알 수 없는 소녀와 조우했다. 한편, 초능력을 가진 탓에 연구소에 격리되어있었던 키리하라 나오토와 키리하라 나오야 형제는 눈을 떠보니 숲속에 있었는데...

보안대에게 체포당했다가 빠져나온 미라클 믹은 어느 식당에서 한 여자와 만나게 되었다. 그 정보를 입수한 쿠로키 형제와 보안대는 믹의 신병을 확보하기 위해 식당을 포위했다. 하지만 그곳에는 미쿠리야의 연구소에서 막 해방된 능력자들인 키리하라 형제도 있었는데...

부모님과 다시 한번 만나기 위해 옛날에 살았던 집에 찾아간 나오토와 나오야. 하지만 집이 있어야 할 장소는 공터가 되어있었다. 그곳에 갑자기 나타난 후타미 쇼코에게 아버지가 운영하던 공장이 철거된 장소로 안내를 받은 두 사람. 그곳에서 만나게 된 건, 고등학생들의 잇따른 자살 소동을 수사하고 있던 보안대의 타쿠야와 유야였는데...

쿠로키 형제 및 보안대와의 싸움에서 부상을 당한 나오토와 나오야를 구해준 사람은 반정부 레지스탕스 ‘언론 자유 동맹’의 멤버였다. 그들은 두 사람을 물질 사회에 반하는 구속자들의 갱생 시설로 안내해, 잔혹한 사상 탄압이 이루어지고 있는 현실을 보여주었는데...

한바탕 소동이 벌어진 보안대 본부에서 구속된 초능력자 마사유키의 어머니 미키를 구출해 낸 나오토와 나오야. 그것은 전부 쇼코의 인도에 따른 것이었다. 한편, 타쿠야의 능력 발현에 자극을 받은 다른 대원들도 능력을 하나둘 각성해나갔다. 이에 보안대장인 혼다는 각자의 능력을 제어하는 훈련을 개시했는데.

언론 자유 동맹은 자신들의 주장을 세상에 알리기 위해 TV 방송국을 점거하고 전파를 탈취하는 계획을 실행에 옮겼다. 나오야가 인질로 잡혀 그 계획에 억지로 가담하게 된 나오토. 계획이 실패할 것을 예견한 나오야는 디지털 네트워크에 스스로의 의식을 접속해 동맹 내부에 배신자가 있다는 것을 밝혀냈는데...