La Cellule d'Investigation Criminelle de la Section de Recherche de Marseille est une unité très spéciale de la gendarmerie nationale, composée de six gendarmes au caractère trempé, que rien n'arrête ; une redoutable machine de guerre mobilisée contre une criminalité qui évolue aussi vite que les outils de la police judiciaire moderne. Toute l'équipe de la CIC est mobilisée pour l'enquête sur la mort étrange de Sylvain Laborde, étudiant en médecine apparemment victime d'un banal accident de scooter. Alors que le commandant Saint-Mathieu briefe son équipe, une nouvelle recrue, Bérénice Saint-Mathieu, fait son apparition. Si l'arrivée de cette dernière semble réjouir l'adjudant Pierre-Yves Malo et le lieutenant Sébastien Granville, il n'en va pas de même pour le commandant Vincent Saint-Mathieu qui ne voit pas d'un bon oeil le fait que sa fille, dont il n'avait plus de nouvelles depuis près d'un an, intègre son équipe. Les retrouvailles sont très complexes, d'autant plus que les rapports entre le père et la fille sont extrêmement froids et que Bérénice reproche à son père de ne pas avoir enquêté sur la mort suspecte de sa mère.

La découverte du corps du lieutenant Sébastien Granville dans les calanques perturbe toute l'équipe. Sa mort aurait-elle un lien avec une affaire de viol et de meurtre datant de plus de 2 ans ? C'est au tour des indices de parler. Et tout se complique quand le principal suspect est retrouvé mort dans sa cellule... La contre-enquête que mène Bérénice sur la mort de sa mère semble également déranger. Quoi qu'elle entreprenne, Chapelle n'est jamais loin... Elle doit se cacher pour accéder au dossier d'enquête sur la mort de sa mère et, alors qu'elle étudie la scène de crime, elle se fait agresser et voler son arme et sa valise d'investigation. Le commandant Thierry Chapelle fait alors irruption pour voler à son secours. A quel jeu joue-t-il ? Si l'antagonisme qui oppose dès le départ Bérénice et Malo paraît s'atténuer face à leur attirance commune, celui qui anime Saint-Mathieu et Chapelle semble irréversible.

Une jeune femme blonde est retrouvée gisant en pleine forêt, le t-shirt maculé de sang, avec des traces visibles de strangulation autour du cou. Si les pistes mènent dans un premier temps à Patrick Cerdan, un homme au lourd passé psychiatrique habitant non loin du lieu de crime, les indices prouvent rapidement que les apparences sont souvent trompeuses… L’enquête de Bérénice avance à grands pas. En étudiant les photos de la scène de crime de sa mère, elle se rend compte que Julie connaissait sans aucun doute son meurtrier. Qui a tué sa mère ? Pourquoi l’enquête a-t-elle été bâclée ? Qui a intérêt à enterrer cette affaire ? Peut-être que Luc Borel, le flic de la SRPJ avec qui travaillait Julie Saint-Mathieu, pourra aider Bérénice à en savoir plus. Et si elle ne semble pas sur ses gardes face à Chapelle, le commandant Saint-Mathieu est bien déterminé à le démasquer.

Loïc Tréguet est retrouvé assassiné chez lui dans des circonstances obscures. Après autopsie, il s’avère qu’il a reçu trois coups au crâne dont un mortel. Lors de l’interrogatoire, sa femme précise qu’il s’agit très certainement d’un cambriolage car des œuvres d’art ont disparu. Bien que les informations données par madame Tréguet et sa fille ne soient pas cohérentes, Saint-Mathieu décide de faire appel à l’un de ses indics. Les soupçons se portent sur Victor Mercier, l’un des employés de Tréguet… Suite aux découvertes de Bérénice sur l’enquête liée à la mort de sa mère, le colonel Paule Albertini veut faire exhumer le corps de Julie Saint-Mathieu pour une contre-autopsie. Les altercations entre Vincent Saint Mathieu et Chapelle ne cessent de se multiplier, chacun attaquant l’autre à son tour. Si Saint-Mathieu ne semble pas renoncer à démasquer Chapelle, ce dernier est déterminé à mener son travail à bien et il semblerait qu’il ait des appuis haut placés…

Samira Ouaniche est désespérée : son fils Noah a disparu. Saint-Mathieu, avec l’accord du général Gibot, déclenche la procédure d’Alerte Enlèvement. Sa peluche est retrouvée dans le mobil home de Fougerolles, un homme inculpé de viol il y a plus de dix ans. Un témoin vient appuyer cet indice en déclarant que la dernière fois qu’il a vu le petit Noah, il était poursuivi par Fougerolles. Le colonel Paule Albertini demande au Lieutenant Cécile Paulin de procéder, en toute discrétion, à la contre-expertise de l’autopsie de Julie Saint-Mathieu. Bien qu’elle ait peur des remous que cela pourrait provoquer, elle accepte par amitié pour Bérénice. Alors qu’elle n’avait de cesse de demander à Saint-Mathieu d’arrêter de suspecter Chapelle, le colonel Paule Albertini tombe des nus lorsque le procureur lui demande de tout faire pour que Chapelle soit promu colonel. Pour lui faciliter la tâche, Saint-Mathieu frappe Chapelle quand il lui annonce de Julie Saint-Mathieu était enceinte lorsqu’elle a été assassinée. Saint-Mathieu est dessaisi de ses enquêtes et Chapelle prend les commandes, à la stupéfaction de toute l’équipe.

Saint-Mathieu est appelé par Philippe Morrand qui s’inquiète de la disparition de ses trois enfants. La maison est passée au peigne fin et les enquêteurs découvrent des projections de sang… C’est alors qu’Antoine, le fils aîné, fait son apparition après s’être enfui suite à une dispute avec son beau-père. Au désarroi de toute l’équipe, le commandant Chapelle est promu lieutenant-colonel. Le général Gibot annonce au colonel Albertini qu’elle va être promue et avoir une mutation sur Paris. Bérénice et Vincent Saint-Mathieu ne sont pas dupes. Leurs investigations quant à la mort de Julie Saint-Mathieu et leurs suspicions sur Chapelle dérangent plus que de raison. Albertini est pénalisée d’avoir fait exhumer le corps de Julie Saint-Mathieu et Chapelle, à la tête de la Section de Recherche, pourra ainsi tout maîtriser et surveiller les faits et gestes des Saint-Mathieu.