La agente del FBI Audrey Parker llega a Haven, Maine en un caso de rutina, pero su investigación y una serie de fenómenos inexplicables la llevan a descubrir el misterioso lado obscuro de la ciudad.
Se le pide al Dr. Beckett (Paul McGillion) que retrase su partida de Atlantis cuando llega la noticia de que la comandante Anne Teldy (Christina Cox) y su equipo han hallado un laboratorio abandonado de Michael dentro de catacumbas subterráneas.
Seis meses después de desaparecer en el granero con Audrey, Duke regresa con una extraña nueva amiga y descubre que Nathan ha huido de Haven, Audrey ha desaparecido y los problemas son peores que nunca.
A medida que se trazan las líneas de batalla finales, la lucha de nuestros héroes contra Croatoan da un giro inesperado.