S3, A1: Sydney probeert de laatste twee jaar van haar leven in kaart te brengen en komt erachter wat er met haar vrienden en familie is gebeurd. Ze probeert in het reine te komen met een zowel vreemde als angstwekkende werkelijkheid. Voor haar herstel moet ze Vaughn met zijn huwelijk confronteren en leert ze de schokkende feiten over Jack en Sloane. Intussen heeft Sydney tijdelijke inzage van de CIA gekregen in een zaak die haar kan helpen haar geheugen terug te krijgen.