Wanneer Thomas wakker wordt, is hij met een groep andere jongens gevangen in een gigantisch labyrint. Van de buitenwereld weet hij niets meer, behalve vreemde dromen over een mysterieuze organisatie genaamd W.C.K.D. Alleen door fragmenten van zijn verleden te verzamelen met aanwijzingen die hij in het labyrint vindt, kan Thomas zijn ware doel en een manier om te ontsnappen zien te vinden.
