Sonic, Knuckles en Tails zijn terug voor hun spannendste avontuur tot nu toe. Het team komt bij elkaar om het tegen een sterke nieuwe vijand op te nemen: de mysterieuze Shadow, met ongekende krachten zoals ze die nog niet eerder hebben gezien. Team Sonic moet een onverwacht bondgenootschap aangaan om Shadow te stoppen en de planeet te redden. Keanu Reeves neemt deel aan de sterrencast als Shadow the Hedgehog.