Een reeks flashbacks van de voorgaande drie jaren toont hoe Lincoln, Sucre, T-Bag, C-Note en dr. Sara in de Fox River State Penitentiary belandden en wat Michael ertoe dreef zijn nauwgezette plan te maken om zijn veroordeelde broer uit de gevangenis te laten ontsnappen.
Michael en Lincoln hebben autopech en Mahone's achtervolging gaat in vlammen op.
Terwijl Michael worstelt met de ontbrekende delen van de gevangenisplattegronden, plaatst directeur Pope hem in de isoleercel als hij weigert namen te noemen. Ondertussen moet Sucre het ontsnappingsgat in de bewakersruimte dichten voordat een team van tapijtleggers het ontdekt.
Als Lincolns executie voor de volgende dag gepland staat neemt Veronica contact met hem op en krijgt daarbij een opmerkelijke bondgenoot. Ondertussen moet Michael een manier vinden om Lincoln uit de isoleercel te krijgen en de gevangenen riskeren alles als ze beginnen aan hun grootste ontsnapping ooit.
Michael bewerkt Mahone's vrouw in de hoop dat hij negatieve info over zijn achtervolger kan krijgen. Lincoln en LJ doen een ongemakkelijke roadtrip. C-Note's vrouw moet kiezen tussen haar man en haar dochter en T-Bag krijgt een onprettige verrassing wanneer hij een verloren liefde zoekt.
