Een schaduwachtige zaak schijnt licht op het verleden van agent Broyles en leidt het team naar mogelijke buitenlandse Fringe Science – terwijl verontrustende gebeurtenissen zich opstapelen en details over Broyles aan het licht komen.
In de seizoenspremière van seizoen 3 vecht Olivia gedesoriënteerd om haar weg naar huis te vinden, terwijl Peter en Walter proberen verder te gaan met hun leven, onbewust aan de zijde van de alternatieve Olivia.
Newton moet een slapende gedaanteverwisselaar inzetten. Terwijl Walter en de rest van het team het onderzoek verplaatsen naar Massive Dynamic, gaan bij Olivia alle alarmbellen rinkelen.
In de seizoensfinale van seizoen 4 wordt het Fringe-team tot het uiterste gedreven wanneer ze wanhopig proberen een rampzalige gebeurtenis te voorkomen die de levens van iedereen bedreigt.
Nadat hij ontdekt dat Lionel tegen Lana heeft gezegd dat hij Clark zou vermoorden als ze niet met Lex zou trouwen, gaat Clark achter Lionel aan om hem voor altijd het zwijgen op te leggen. Lana vertelt Lex dat ze bij hem weggaat.
