Addison gaat tijdelijk met verlof om oude vrienden in Los Angeles op te zoeken. Cristina bereidt met tegenzin haar bruiloft voor met behulp van Burke's moeder en haar eigen moeder.
In de eerste aflevering van het tweede seizoen komen Jane en Lisbon erachter dat de Red John-zaak is toegewezen aan een nieuw CBI-team, onder leiding van agent Sam Bosco (Terry Kinney).
Wanneer Lightmans voormalige collega in het Pentagon wordt gedood door een autobom, moeten Lightman en Foster een reeks gebeurtenissen uit het verleden oprakelen, waaronder de therapiesessies die hen samenbrachten.
Nadat een studente op klaarlichte dag wordt neergeschoten, blijkt uit het onderzoek dat ze heel wat geheimen te verbergen had. Jane’s ouders krijgen ruzie.
