De zomervakantie van de doodnormale tienjarige jongen BEN TENNYSON, zijn OPA MAX en zijn NICHTJE GWEN verandert in een bizar avontuur wanneer Ben een apparaatje vindt dat op een horloge lijkt (het prototype van de OMNITRIX). Dit horloge is van een ruimteschip van een alien hoog boven de aarde naar beneden gevallen.

Ben en zijn alter ego-aliens gaan de strijd aan met DR. ANIMO, een gestoorde wetenschapper die zint op wraak. Hij is gewapend met de TRANSMODULATOR waarmee hij genetisch materiaal kan muteren. Eerst gebruikt Animo de Transmodulator om gewone dieren te veranderen in MONSTERLIJKE WEZENS, en daarna om DINOSAURUSSEN tot LEVEN TE WEKKEN die Washington op zijn kop zetten.

Ben is op een vistochtje met opa Max, en ze stoppen bij een kampeerplek aan het meer. Daar ontdekt Ben een groot meermonster – een soort Nessie – genaamd DE KRAKKEN. Maar het echte gevaar blijkt van de kwade stroper JONAS te komen en zijn high-tech ONDERWATERDIEVEN die de Krakken lastigvallen: ze proberen haar EIEREN te stelen.

Opa Max, Gwen en Ben gaan op bezoek bij hun oude tante, maar ontdekken dat haar pensionadodorp is overgenomen door de LIMAX: aliens die van gedaante kunnen verwisselen. De Limax ontvoeren de bejaarden een voor een naar hun eigen planeet, waar ze als voedsel worden gebruikt. Ben zet zijn alienhelden in om de Limax te verslaan en niet alleen zijn bejaarde tante te redden, maar ook opa Max.

Ben wordt achternagezeten door DRIE BUTENAARDSE HUURLINGEN - KRABMAN, een soort schaaldier, SIXSIX de mechanische moordenaar en de mysterieuze CIRKELPLAAT. Ze zijn ingehuurd door Vilgax om de Omnitrix terug te halen. De ervaren en machtige huurlingen zijn een serieuze uitdaging voor Bens aliens.

Wanneer Ben zich laat verleiden om met de GROOTSTE ELASTIEKJESBAL TER WERELD te knoeien in een suf toeristendorpje, bevrijdt hij per ongeluk de MEGAWATTS – vervelende en wezentjes die zich met elektriciteit voeden. Ze trappen rotzooi en zetten de stad op stelten, omdat ze in staat zijn om de realiteit te muteren in welke bizarre vorm ze maar willen.