Stitch weet niet hoe hij met andermans spullen om moet gaan. Dit bereikt een climax, wanneer hij de milkshake machine sloopt en Nani in de problemen brengt met meneer Wong. Wanneer Richter, experiment 513, wordt geactiveerd, wordt het eiland getroffen door mogelijk verwoestende aardbevingen, van het kaliber dat de planeet zou kunnen vernietigen. Lilo en Stitch slagen erin Richter op te sporen en zetten een punt achter zijn destructieve bevingen. Uiteindelijk leert Stitch te waarderen wat hij heeft en wat anderen toebehoort.

Experiment 375 wordt geactiveerd, een spookachtig experiment, ontworpen om levenloze objecten leven in te blazen. Wanneer Fantasmo ontsnapt in Lilo's huis, kruipt hij in Stitch's pop Scrump en creëert ze allemaal problemen waar Stitch de schuld van krijgt. Lilo is de enige die achter haar vriend blijft staan en gelooft in zijn onschuld. Nadat Lilo een rechtszaak organiseert, komt de waarheid naar boven dat Stitch geen blaam treft.

Lilo zit niet goed in haar vel, nadat Mertle een chic nieuw kapsel krijgt. Wanneer ze het haar-etend experiment Knip tegen het lijf loopt, besluit ze wraak te nemen op Mertle, door het experiment op haar kamer te zetten, met het idee haar kapsel te vernielen. Dit werkt echter averechts, wanneer Knip het haar van Mertle's moeder opeet en, erger nog, ontsnapt en nu los loopt op het eiland. Lilo en Stitch moeten Knip terugvinden voor ze het hele eiland kaal knipt.

Experiment 254 is een stinkbom wiens stank streken tientallen jaren onbewoonbaar maken. Hij is echter ook schattig en iedereen wordt verliefd op hem. Behalve Stitch, die er van walgt hoeveel tijd Lilo besteed aan meneer Stinkie. Stitch wordt zo jaloers op 254, dat hij 'm gevangen laat nemen door Gantu! Het verlies van Stinkie, maakt Lilo zo verdrietig, dat Stitch het niet meer trekt; hij besluit Stinkie weer te heroveren en sluipt aan boord van Gantu's schip om hem te halen.

Het is Halloween! Terwijl Lilo zich in een walgelijk kostuum hijst (een hula jurk met een rubberen bijl door haar hoofd), bereidt Nani het huis voor op trick-or-treaters. Ondertussen wordt experiment 300 geactiveerd in het bos. Dit kan in ieders grootste nachtmerrie veranderen en jaagt al spoedig door de stad, iedereen de stuipen op het lijf jagend. Als Lilo ontdekt dat het experiment verschenen is op het Kaiaulu's Hale Halloweenfeest, spoort ze Stitch aan haar te helpen hem te vangen.

Mertle krijgt een armband, waar de ongeactiveerde experimentpeul 606 aan vast zit, een Zwart Gat-experiment dat de hele wereld op kan zuigen. Lilo beseft dat ze de armband van Mertle af moet pakken, maar wordt constant afgeleid door een agent. Ze vraagt Nani haar te helpen, maar die is te druk bezig met een inspectie van de Verhuurhut, om haar te kunnen helpen. Lilo volgt Mertle, maar wanneer ze proberen de armband van haar af te pakken, slagen zij en Stitch erin middenin Nani's inspectie de Verhuurhut te slopen .