De kruistochten. De gevechten die elke 200 jaar plaatsvinden tussen de Godin Athena en Hades, de Heer van de Onderwereld. In een 18e eeuws Europees plattelandsstadje, op het moment dat de kruistochten beginnen, wonen Tenma en Alone. Ze hebben totaal verschillende persoonlijkheden maar zijn de beste vrienden. Op een dag ontmoet Alone een vrouw genaamd Pandora.

Gouden heiligen verzamelen zich rond de Godin Athena en haar heiligdom ter voorbereiding op de nieuwe kruistocht tegen de onderwereldkrijgers. Rond deze tijd, als Tenma getraind wordt om een heilige krijger te worden, wordt hij herenigd met het zusje van Alone, Sasha, en hoort hij dat zij in Athena is veranderd.

Tenma en de andere heilige krijgers gaan op weg naar een Italiaanse stad waar de krijgers van de onderwereld bijeen zijn. Tenma realiseert zich dat het zijn geboortestad is en maakt zich zorgen over Alone's lot. Maar tussen de brandende ruïnes van de stad verschijnt Alone als reïncarnatie van de Heer Hades.

Hoewel ze hoort van de dood van Tenma en van de reïncarnatie van haar broer Alone als Hades, verdringt Sasha haar verdriet en vervult ze standvastig haar rol als Athena. Ondertussen, terwijl hij Tenma's lichaam draagt, wordt de Silver Saint Yato bezocht door de Godin Yuzuriha, die hem naar Jamir brengt. Het hoofd van Jamir, Hakurei, vertelt hem dat Tenma niet helemaal dood is.

Een van de drie sterkste Specters, Minos, gebruikt onzichtbare poppenspanners om het zogenaamd ondoordringbare heiligdom binnen te dringen en de ene na de andere heilige te doden. Er verschijnt echter een giftige rozentuin tussen Minos en het heiligdom. In het midden van de tuin verschijnt de Gouden Heilige Albafica. Albafica is immuun voor het gif van de roos.

Albafica vecht uit alle macht tegen Minos en laat de “karmozijnrode zone” los. Maar zelfs dat wordt afgeketst door het pantser van de Specter, waardoor Albafica uiteindelijk valt. Minos gaat vervolgens naar het dorp buiten het heiligdom dat Albafica probeerde te beschermen. Het dorp wordt vernietigd en zelfs Agasya, een jong meisje dat om Albafica rouwt, is het doelwit van Minos.