Yugi en zijn vrienden zijn onder de indruk van Grandpa's verzameling Duel Monsters-kaarten, maar wanneer #1 duellist en meedogenloze tycoon Kaiba besluit Grandpa te ontvoeren om de zeldzame Blue-Eyes White Dragon-kaart te krijgen, moet Yugi de confrontatie aangaan met het ultieme Duel Monsters om zijn Gramps te wreken!

Yugi en zijn vrienden stoppen even met het verbeteren van hun kaartspelvaardigheden om te zien hoe Weevil en Rex Raptor in het Duel Monsters Regional Championship strijden. Wanneer Yugi een pakket opent van de maker Duel Monsters creator, Maximillion Pegasus, wordt Yugi gedwongen hem te confronteren in het mysterieuze Shadow Realm, waar alle monsters en magie echt zijn.

Yugi geeft een van zijn eigen Star Chips op zodat Joey aan boord van de boot kan gaan op weg naar het Duelist Kingdom en kan duelleren om het gezichtsvermogen van zijn zuster te redden terwijl Téa en Tristan zich als verstekelingen bij hun vrienden voegen.

Zodra Yugi en zijn vrienden het Duelist Kingdom bereiken, kondigt Pegasus aan dat er veel vreemde geheimen op het eiland zijn waardoor zijn ultieme toernooi anders zal uitpakken dan alle andere toernooien.

Nadat Yugi de eerste golf van Duel Monsters van Weevil verslaat, is hij geschokt als hij ontdekt dat Weevil nog een laatste trucje achter de hand heeft; een uitgehongerd Great Moth die met elke beurt sterker wordt! Kan Yugi een manier vinden om dit gevleugelde beest te vernietigen voordat het hem vernietigt?

Terwijl Joey op zoek is naar een duellerende tegenstander die hij kan verslaan, accepteert hij moedig een uitdaging van veteraan duellist Mai. Maar wanneer Mai een zenuwslopend paranormaal begaafd vermogen begint te vertonen, raakt Joey totaal in de war, waardoor hij geen andere keuze heeft dan Mai's geheime strategie te vinden voordat hij er het slachtoffer van wordt!