A história acompanha os esforços heroicos da agência de criptozoologia Monarch, cujos membros enfrentam um conjunto de monstros do tamanho de deuses, incluindo o poderoso Godzilla, que colide com Mothra, Rodan e o seu grande inimigo, o Rei Ghidorah de três cabeças. Quando estas superespécies antigas – que se pensava que eram mitos – voltam a aparecer, competem pela supremacia, deixando em perig...