A Temporada 3 segue Hanna enquanto ela tenta destruir o Utrax, a organização sinistra que a criou com a ajuda da problemática ex-agente da CIA Marissa Wiegler. A história cruza a Europa e atinge um clímax dramático quando Hanna e Marissa descobrem o verdadeiro e horrível alcance da operação, bem como quem estava por trás de tudo.