Um ano após “A Fusão”, Arin, o fã dos Ninja e a amiga Sora arriscam tudo para salvar a vida de Riyu, um jovem dragão capturado.

Lloyd, Arin e Sora levam Riyu de volta ao clã e descobrem um estranho poder para enfrentarem os Caçadores de Dragões que os seguem.

Arin e Sora esgueiram-se do Mosteiro para irem à Feira da Encruzilhada e descobrem um plano terrível que leva o treino para a vida real.

Quando o Navio surge no Mosteiro sem piloto, o Lloyd, o Arin, a Sora e o Riyu seguem as pistas até ao Kai e Nya apanhados entre dois reinos em guerra.

Um Sismo-Fusão no flutuante Reino das Nuvens obriga os Ninja a lutar contra um monstro e aí encontram respostas e um novo Mestre Elementar.

Sora descobre que uma invenção que criou no passado está a ser usada para o mal. Lidera então uma viagem a Imperium, mas ela, Arin e Lloyd separam-se.