Inspirada en sucesos reales, Colonia cuenta la historia de Lena (Emma Watson) y Daniel (Daniel Bruhl), una joven pareja que se ve involucrada en el golpe militar de Chile de 1973. Daniel es secuestrado por la policía secreta de Pinochet, y Lena lo sigue hasta un área apartada de nombre Colonia Dignidad, al sur del país. Esta se muestra como una misión benéfica liderada por el predicador laico Paul Shafer (Michael Nyqvist), pero que, en realidad, es un lugar del que nadie ha podido escapar. Lena decide unirse a esta secta oscura y misteriosa para encontrar a Daniel.