Los jóvenes guerreros que protegen a la diosa Athena son conocidos como Caballeros del Zodíaco. Seiya es un joven huérfano cuyo destino es convertirse en el Caballero de Pegaso. Athena se ha reencarnado en este mundo, pero una aciaga profecía dice que esta vez perderá la guerra contra Poseidón y Hades, lo cual llevará a la humanidad a su perdición. Seiya se alza contra dicha profecía dispuesto a proteger a Athena a cualquier precio, pero ahora una flecha matadioses ha atravesado el corazón de la diosa. Para salvarla, Seiya deberá atravesar el Santuario y vencer a los doce legendarios Caballeros de Oro, y solo tiene doce horas para ello. ¿Podrá lograrlo? ¿Y qué ocurrirá con la profecía si lo logra?