S1, A1: Året är 2062. Tjugo år efter att Project Elysion misslyckades och har lämnat jorden i ruiner, vaknar en flicka, Empress, upp i en underjordisk forskningsanläggning. Utan något minne av sitt förflutna möter hon Norito och Miya, och de beger sig upp till ytan. Men de attackeras av en Titans Drone-infanterienhet. En Black Trike hjälper dem ur knipan och påstår sig känna Empress.