S3, A1: Sydney försöker kartlägga de senaste två åren av sitt liv och får reda på hur det har gått för hennes vänner och familj. Hon försöker få rätsida på en verklighet som är både främmande och skrämmande. För att påbörja resan tillbaka konfronterar Sydney Vaughn om hans äktenskap och får höra om Jacks och Sloanes chockerande öden. Under tiden får Sydney ett tillfälligt CIA-tillstånd för ett fall som kan hjälpa henne att få tillbaka minnet.