S4, A11: Spindelmannen, Iron Man, Thor och Hulken blir maktlösa efter att ha träffats av dr Doofenshmirtzs kraftuttömmande inator. När Marvel Super Villains - Red Skull, Whiplash, Venom och M.O.D.O.K. - får reda på att dr Doofenshmirtz är ansvarig för att beröva Superhjältarna på sina krafter, söker de upp honom och tillsammans skapar de förödelse i Danville. Samtidigt gör Phineas och Ferb allt de kan för att återställa Superhjältarnas makt innan de onda skurkarna tar över världen.