Kapten Tom Chandler och besättningen på USS Nathan James är på väg till Arktis med två virologer. När de attackeras av ryska styrkor får Chandler reda på att virologerna samlar in prover av ett virus som har utplånat halva jordens befolkning medan de befunnit sig till havs.
Chandler och hans besättning beger sig till militärbasen vid Guantanamo Bay. Där hoppas de kunna fylla på sinna förråd med mat, medicinska förnödenheter och bränsle. Tre team skickas ut för att utföra de olika uppdragen.
Teamet kallas till en bilolycka mitt i en spökstad. Saker och ting blir ännu mer oroväckande när CSI-teamet upptäcker ett skottskada i offrets hals.
Chandler och besättningen återvänder hem, och finner att en tidigare politiker som försöker avvärja en krigsherre som motarbetar hennes försök att upprätta lag och ordning igen. Nu när de har en plats och medel för att avsluta sitt uppdrag måste Chandler försöka rädda sin familj.
Efter prövningarna på Guamtanamo Bay är besättningen överarbetade och trötta samtidigt som vattenransonerna håller på att ta slut. När fartygets motorer krånglar blir situationen nästintill ohållbar.