Divisionen skickar Alex på sitt första uppdrag att döda ledaren för ett brottssyndikat. Alex känner sig obekväm med att ta någons liv men blir lugnad av Nikita som insisterar på att hjälpa henne.
Mutant X-teamet måste stoppa auktionen av en mycket dödlig substans som ett antal ökända internationella terrorister vill ha.
En pojke som håller på att utveckla nya mutantförmågor har kidnappats och teamet går med på att hitta honom åt sin mamma. De får senare veta att det var hon som lät kidnappa sin son.