När Chloe av misstag andas in en mystisk gas upptäcker hon att hon får kraften att få folk att säga sanningen. Hon går till familjen Kent för att ta reda på Clarks hemlighet.
På halloween utreder Mulder och Scully en bolagschefs död. Han verkar ha mördats av en tänkande dator.
När agenterna undersöker en påstådd obduktion av en utomjording uppdagar de vad som verkar påtagliga bevis med myndigheternas kontakt med utomjordingar.
När de undersöker en lantlig religiös kult avslöjar agenterna ett lömskt experiment där våldsamma tonåringar och utomjordisk DNA är inblandade.
Scully försöker förlika sig med sin obotliga cancer, medan Mulder och De ensamma revolvermännen bryter sig in i ett välskyddat forskningslabb för att hitta botemedlet som kan rädda hennes liv.