Efter att ha förstört Det Fördömda riket och räddat Ninjago, har ninjorna fått ta del av ett nytt kändisskap. Men de får vara försiktiga med vad dem önskar sig, för en ny skurk, vid namn Nadakhan Djinn är fri och en ny era av…

Ninjorna måste lära sig så mycket de kan om Nadakhan innan han hittar Rikenas kristall för att rädda sin besättning, men efter att ninjorna förklaras som världens fiender, upptäcker våra hjältar sig vara jagade av deras gamle vän, Ronin.

Felaktigt inspårrade befinner sig ninjorna på botten, men upptäcker en ovanlig vän i en gammal fiende. Samtidigt, räddar Nadakhan sin strandsatta besättning och får nya perspektiv, tillsammans med en ny mystisk plan.

Ninjorna är på kollisionskurs; för att hitta kartan för att stoppa Nadakhan, måste de hitta honom. Samtidigt, önskar sig Jay att förändra sin framtid, men det kan förändra hans bakgrund på obestämd tid.

Bibjorna sätter kurs mot en farligt ö för att hitta det enda som kan stoppa Nadakhan. Samtidigt, får luftpiraterna reda på generalplanen, och en hemlighet hos ninjorna avslöjas.

Som fånge på Olyckans Cell, testas Jay när Nadakhan gör allt i sin makt för att knäcka hans motstånd att uttala sin sista önskan. Samtidigt, försöker de strandsatta ninjorna ta sig ifrån ön.