在《忍者蝙蝠俠》的續集中，蝙蝠俠家族回到現代發現日本已經消失，一座巨大的島嶼「日野本 (Hinomoto)」出現在高譚市的上空。主宰這座島嶼的，是一群擁有超能力的黑道 (Yakuza)，他們的統治毫無榮譽或人性可言，並且神似正義聯盟。現在，拯救高譚市的重擔落在了蝙蝠俠和他的盟友肩上！