人類為了躲避巨人威脅而建築高聳巨大城牆，躲在城牆中過著苟且偷生的日子。一天，超大型巨人來襲打破了歷經百年的和平日常，紛亂中失去母親的少年艾連・葉卡自此發誓要驅逐所有巨人，成為與巨人戰鬥的調查軍團的一員。在幾番賭命的險惡戰鬥中，艾連得到化身為巨人的能力，一邊為人類的勝利做出貢獻，逐步慢慢接近世界的真相。時光流逝，來到牆外世界的艾連選擇與調查軍團的夥伴們分道揚鑣，執行一個驚世駭俗的恐怖計畫。