擁有超人頭腦的科學少年·千空，和體力超群卻性情率真善良的好友·大樹。對青梅竹馬的杠長年單相思的大樹，縱使一直被千空嘲笑，也終於鼓起勇氣要和杠告白。然而，天空突然閃現耀眼的光芒，全世界的人類在一瞬間被“石化”的神秘現象發生了！！從那之後過了約3700年，在文明消失殆盡的“石之世界”中，從石化中解放的千空與大樹再會，並決心從零開始創造文明！

有一天，發生了全世界的人類都在瞬間被石化的神秘現象……！在3700年之後的世界甦醒的千空和大樹，在文明完全消失的石之世界，不斷進行實驗，終於完成了解除石化的“復活液”。兩人想復活青梅竹馬·杠，卻遭遇了意想不到的緊急事態，將曾經的靈長類最強男人·獅子王司復活了！

千空和大樹利用完成的復活液解開了靈長類最強男人·獅子王司的石化。然而，司卻向千空道出了「僅復活純粹的年輕人，淨化人類」的過激思想，並開始破壞被石化的大人們。感到危險的千空，決定復活青梅竹馬·杠，並讓他們來決定是讓大樹和杠先逃走，還是三人一起留下阻止司繼續破壞。就在這時，回到營地的司，絲毫不隱藏自己的殺氣，向千空等人逼近……！！

離開了司，來到箱根的千空三人為了和擁有最強武力的司對抗，需要獲得火藥，他們在箱根收集了必要的材料，並急忙開始製作火藥。在此時，千空等人發現了遠處升起的狼煙！千空確信在這石之世界裡，除了自己以外還存在其他人類，他冒著被司發現的風險，依舊發出了信號，但是……！？

千空等人在箱根的森林中發現遠處升起狼煙，但是在與升起狼煙的人見面之前，就被趕來的司發現了。杠被抓成為人質，千空告訴了司復活液的配方，卻因為不能接受司「放棄科學換取生命」的交易，被司殺害。悲憤交加的大樹和杠心懷與千空「共同戰鬥」的約定，向司發起挑戰！

人類被石化後數千年的某一天，獨自一人從石化中甦醒的千空，開始在文明消亡的世界求生。光是確保最低限度衣食住，體力就已到達極限的千空，找到了體力笨蛋的好友·大樹的石像，並嘗試復活他。而現在——大樹和杠抱著被司殺害的千空，一樣堅信著和千空的約定，嘗試復活千空。